平成25年7月15日海の日にリニューアルオープン。さまざまな施設整備を行い、海や川の生き物をより身近に感じることができる水族館に生まれ変わりました。
屋外には、海から内陸に広がる本市の自然環境をモデルに、砂丘湖、小川、田んぼなどを再現した「にいがたフィールド」を新設しました。景観だけでなく、そこに住む生物や植物の観察も楽しむことができます。また、館内の「日本海大水槽」には新たにのぞき窓を設置。照明や擬岩を入れ替え、展示する魚類の種類を増やしました。そのほかサンゴや砂浜などさまざまな海岸線の風景を再現した7つの水槽「潮風の風景」、生き物の観察・実験ができる「アクアラボ」、広くなった「ペンギン海岸」、柵をガラスに変更してこれまで以上に見やすなった「マリンサファリ」など、多くの見所があります。ダイナミックなジャンプが必見の「イルカショー」も毎日開催します。